O Centro Ambulatorial é o responsável pelos serviços de prevenção de deficiências realizados pela APAE de Bom Jesus do Itabapoana. O Teste do Pezinho ou Rastreamento Neonatal é um exame obrigatório e gratuito a ser realizado em recém nascidos a partir de 72 horas de vida até o terceiro mês, sendo ideal coletar o sangue entre o 3º e o 7º dia de nascido. Algumas pesquisas como a dosagem de Biotinidase requerem coleta no primeiro mês.
Além de realizar a coleta do exame do pezinho, a instituição também oferece mais três diagnósticos: o teste de orelhinha, teste da linguinha e a avaliação neuromotora, complementando o serviço de diagnóstico precoce. Esses exames complementares são realizados através de parceria com a Unimed Norte Fluminense, não havendo ônus para as famílias. Em parceria com a Secretaria Municipal de Saúde de Bom Jesus do Itabapoana, os bebês também recebem as duas primeiras vacinas na instituição, BCG e Hepatite B.
